En su nuevo puesto llevó al virrey de Montserrat a juicio, creó el estanco para tabacos, implantó nuevos impuestos sobre el pulque y las harinas, combatió el contrabando, reformó el sistema aduanal de Veracruz y Acapulco, sustituyó el régimen de arriendo de los impuestos por otro, denominado de encabezamiento, y estableció la contaduría general de las haciendas municipales, todo ello además de reordenar los puestos públicos con los subsecuentes despidos. Los ingresos fiscales llegaron de 6 millones de pesos en 1763 a 12 millones en 1773.
En 1765 reorganizó el ejército y llevó a juicio al virrey de Montserrat que fue reemplazado por Carlos Francisco de Croix quien le facilitó su labor. Dos años después Gálvez intervino para sofocar los motines y disturbios que ocasionó la expulsión de los jesuitas y mandó a hacer juicios sumarios, ejecuciones y encarcelamientos perpetuos.
Con la desaparición de la Compañía de Jesús Gálvez alentó las misiones franciscanas en ambas Californias por orden expresa del rey. Estableció una base naval en San Blas y se adelantó a la expedición de fray Junípero Serra - que fundó la misión de San Diego- y Gaspar de Portolá - que fundó la misión de Monterrey y San Carlos, y a fines de 1771 llegó a la bahía de San Francisco.
José de Galvéz regresó a España en 1772 como miembro de la Junta General de Comercio Moneda y Minas, gobernador del Consejo de Indias y Consejero de Estado. Por los servicios prestados, Carlos III lo recompensó nombrándolo marqués de Sonora y Ministro Universal de las Indias.
A Gálvez se le debe la organización del norte de la Nueva España, pues siendo ya Ministro el Rey constituyó la Comandancia General de las Provincias Internas que agrupó a Nueva Vizcaya, Sinaloa, Sonora, las Californias, Coahuila, Nuevo México y Texas, dándole a Chihuahua el carácter de capital.
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